På 40-talet började Laxness skriva historiska romaner, bland andra Islands klocka som var ett inlägg i den isländska debatten om politisk självständighet. Den kom ut i tre delar mellan åren 1943 och 1946. På 50-talet kunde man i hans skrifter urskilja ett stort tvivel på det han tidigare trott på – han vände sig bort från alla läror. På 60-talet skrev han flera dramatiska verk i absurd stil och fyrtio år sedan han skrivit Den store vävaren från Kashmir, nästan sjuttio år gammal, började han i Själavård vid Jökeln på nytt flörta med modernismen i sitt romanskrivande, i stil med unga isländska författare. Där berättas om biskopens utsände, som har skickats ut för att undersöka hur prästen vid Snæfellsjökull sköter sitt ämbete. Prästen har slutat förkunna den kristna tron och säger: "Den som inte lever i poesi överlever inte här på jorden." (191-92)
När Laxness gav ut Själavård vid Jökeln 1968 hade det gått åtta år sedan hans senaste roman Det återvunna paradiset, kom ut.
Att skriva Själavård vid Jökeln tycks ha varit ansträngande för Laxness och ur breven till hustrun Auður Laxness kan man utläsa, att han själv tvivlade på resultatet. Den femte oktober 1968 skriver han till henne från Köpenhamn: "Jag har ännu inte riktigt hämtat mig efter arbetet med Själavård vid Jökeln, det var lite som att försöka vända Goðafoss." Och den åttonde oktober skriver han till hustrun om boken: "den tog nästan död på mig". Tre dagar senare skriver han återigen till Auður och då måste han ha fått reda på, att boken fått ett gott mottagande på Island. Han tycker att "det är roligt att så många goda män skulle ha svalt en bok som Själavård vid Jökeln utan att hicka nämnvärt. Ingen vet dock bättre än jag själv hur många brister boken har, men det är ju ingen idé att tala mer om det." Laxness fick de isländska litteraturkritikernas pris för Själavård vid Jökeln. Det är också värt att nämna, att när boken kom ut i pocket i Tyskland skrev Der Stern om den: "En gåtfull och excentrisk berättelse som får tårarna att skratta." Nu har boken översatts till tio språk och getts ut i mer än tjugo utgåvor. Den har också filmatiserats av Halldórs dotter Guðný Halldórsdóttir, så författarens egna tvivel på verket har så sannerligen kommit på skam.
Halldór Laxness hade inte någon allenarådande livsåskådning genom livet. Han började sin bana som katolik, övergick till socialismen men avsvor sig senare alla läror – utom kanske taoismen. Hans begravning i februari 1998 ägde rum i den katolska kyrkan i Reykjavik, där man förenade olika begravningsseder från den katolska och protestantiska tron. På så vis kan man säga att cirkeln var sluten. Han försökte aldrig dölja tidigare åsikter som han kanske hade övergivit, utan betraktade dem som en del av sin egen utveckling. Laxness' mest kända åsiktsbyte var när han gjorde upp med Sovjetunionen och Stalin i sin bok Skaldetid 1963. "Det är intressant att se hur Stalin för varje år som gick blev ett skolexempel på hur makten demoraliserar människan, på det vis att en man som uppnått total makt inom sitt område samtidigt blir fullständigt omoralisk" skriver han där (295). Boken väckte stor uppmärksamhet när den kom ut, men när man ser tillbaka kan man se att hans inställning förändras gradvis under hela 50-talet. Med Gerpla – en kämpasaga (1952) diktar Halldór en ny islänningasaga som utspelar sig på den klassiska tiden. Där driver han med den gamla hjältedyrkan i islänningasagorna, men bokens budskap är lika mycket riktat till samtiden, där maktfullkomlighet och våld länge varit metoder som använts av styrande i olika länder som mest av allt räds sina undersåtar. De som så ville, kunde här se en hänvisning till Hitler och Stalin – till ledardyrkan – men i boken ges också exempel på andra samhällen med motsatt styrelseskick. Ett sådant modellsamhälle finner Laxness hos grönländska eskimåer. Denna urbefolkning känner endast till ett samhälle där alla är jämlika och lever i bästa samförstånd och har inte några ledare.