Halldór var Guðjónsson og bar það kenninafn fram yfir tvítugt. Í bréfi til vinar síns, Erlendar í Unuhúsi, í mars 1922 bað Halldór hann að annast nauðsynlega skriffinnsku til að hann gæti lögfest eftirnafnið Laxness. Laxness er eignarfallsending á bænum Laxnesi, þar sem hann ólst upp frá þriggja ára aldri eftir að hann flutti með foreldrum sínum af Laugavegi 32 í Reykjavík. Nafnabreytingin var svo formlega staðfest í Stjórnartíðindum vorið 1923.
Millinafnið Kiljan nafnið er hins vegar komið frá írskum dýrlingi frá sjöundu öld (ca. 640 - 689) og starfaði sem trúboðsbiskup í Würzburg í Þýskalandi. Halldór valdi Kiljan sér til millinafns þegar hann tók kaþólska skírn. Halldór þýddi skírnarvottorðið seinna svona: „Bænafélag sem vor heilagi faðir Píus páfi tíundi með því nafni setti á stofn 8. mars 1910 í múnklífinu Saint Maurice de Clervaux til að biðja fyrir afturhvarfi norrænna þjóða, Danmerkur, Svíþjóðar og Noregs til kaþólsks siðar: Monsieur Kilian Gudjonsson Laxness hefur verið samþyktur félagsmaður 21. mars 1923.“ Hægt er að lesa meira um skírn Halldórs í fyrsta kafla Skáldatíma sem kom árið 1963.